Az ELTE Etológia Tanszékének tudományos főmunkatársa. 1994-ben csatlakozott az Etológia Tanszék Családi Kutya Csoportjához. Az eltelt évek alatt szociális tanulással, szociális kognícióval, etorobotikával, személyiségkutatással, kutyás és farkasok viselkedésének összevetésével és viselkedésgenetikával foglalkozott. Jelenlegi kutatási témája a kutyák kognitív öregedése.
Kubinyi Enikő a L’Oréal–UNESCO „A nőkért és a tudományért” díj 2018-as társ-díjazottja.